Hôpital européen Georges-Pompidou - Biologie

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LBM > Secteurs de laboratoire > Microbiologie

 

Service de Microbiologie - Pr. Jean Luc MAINARDI

Présentation du service

Le service prend en charge l’ensemble des examens de Bactériologie-Virologie-Parasitologie-Mycologie-Hygiène du Groupe Hospitalier HEGP, Corentin-Celton, Vaugirard et Gabriel-Pallez.

3 à 4 postes d’internes sont ouverts dans les différentes unités et 4 externes sont accueillis par trimestre.

 

=> Organigramme fonctionnel du service de Microbiologie

 

Unité de Bactériologie

L'unité  assure la bactériologie de routine de l'ensemble de l'hôpital, en s'appuyant :

- Sur des techniques classiques (isolement, antibiogramme)

Les identifications bactériennes sont effectuées par spectrométrie de masse de type MALDI-TOF. L’étude de la sensibilité aux antibiotiques est réalisée par la méthode de diffusion en milieu gélosé. Les antibiogrammes sont lus secondairement par l’un des deux SirScan (Société i2a). un ensemenceur automatique est en cours de paramétrage dans le service.

- Sur des techniques de biologie moléculaire à la recherche de bactérie, dont la croissance est difficile par les techniques classiques ou sur des prélèvements de patients qui ont déjà reçu des antibiotiques

Elle assure les prélèvements microbiologiques de l'hygiène et le suivi de l'ensemble des résistances aux antibiotiques de l'hôpital (globalement et par service). Elle travaille en étroite collaboration avec le service d'hygiène (Anne CARBONNE) et l'Unité mobile de microbiologie.

 

Unité de Virologie

L’unité fonctionnelle de virologie comprend actuellement trois secteurs dont l’activité est strictement associée au recrutement des services cliniques de l’HEGP, notamment des services de réanimation (avec une valence pneumologique), de médecine interne et d’immunologie médicale, de cancérologie, et de néphrologie.

- Secteur de culture cellulaire : Isolement viral
- Secteur de sérologies virales
- Secteur de virologie moléculaire

L'activité de virologie médicale comprend des examens:

- de virologie transversale de proximité (bilans d’entrée, bilans pré-chirurgicaux, médecineinterne, urgences, gestion des accidents d’exposition au sang pour le personnel d’un hôpital de 860 lits, …) impliquant des actes de biologie normative et non spécialisée, notamment en sérologie virale et en diagnostic moléculaire rapide (grippe par exemple) ; cette activité a bénéficie d’une plate-forme d’immuno-enzymologie originale essentiellement partagée par la biochimie  la virologie et la pharmacologie.

 

- Virologie spécialisée

  • en immunologie clinique (monitoring des malades infectés par le VIH, y compris les infections hépatiques)
  • dans le domaine des infections virales respiratoires (urgence, réanimations) iv)
  • en oncologie virale, notamment dans le domaine des infections à papillomavirus humains (recrutement des services de gynécologie, d’ORL, de gastro-entérologie et d’immunologie clinique)

 

En mars 2014, l'unité de virologie participe à la création d’une plateforme de virologie des infections à papillomavirus humains (HPV), dans le contexte plus général de la prise en charge intégrée multidisciplinaire des cancers et conditions pré-cancéreuses associés aux HPV.

 

Unité de Parasitologie-Mycologie

- Assure le diagnostic des parasitoses et des mycoses invasives et superficielles. La démarche diagnostique repose sur la recherche directe, les techniques sérologiques, l’identification des champignons en culture et la détermination de la sensibilité aux antifongiques.

-Assure l’interprétation des résultats auprès des cliniciens et participent aux conseils diagnostiques et thérapeutiques en collaboration avec l’unité Mobile de Microbiologie Clinique.

 

Unité Mobile de Microbiologie Clinique (UMMC)

Composée d'un Chef de Clinique-Assistant et d'un interne médecin clinicien sous la responsabilité du Pr Jean-Luc Mainardi (PU-PH) est cette unité a un rôle de conseil:

- diagnostique et thérapeutique en pathologies infectieuses pour l'ensemble de l'hôpital mais également pour les structures médicales extérieures

- sur le bon usage à la fois des examens biologiques à visée microbiologiques

- sur le bon usage du médicament et tout particulièrement des antibiotiques

Consultation sur rendez vous (Pr Mainardi) orientée vers la prise en charge infectiologique des infections cardiaques, en particulier sur la prise en charge des endocardites infectieuses.

Le CNRP contribue à la surveillance des infections à pneumocoque et de leur résistance aux antibiotiques à travers les Observatoires Régionaux du Pneumocoque, un réseau de 400 laboratoires de Microbiologie couvrant les 22 régions de France Métropolitaine, soit 70% des admissions en médecine de court séjour.

 

Centre National de Référence des Pneumocoques (CNRP)

Dans ce cadre, le CNRP suit l’évolution de la résistance, analyse les tendances et étudie les mécanismes moléculaires de la résistance des pneumocoques aux antibiotiques. Sa mission est aussi d'assurer l'expertise biologique.

En collaboration avec l’Institut de veille sanitaire, le CNRP contribue à l’évaluation de l’impact du vaccin conjugué et assure le sérotypage d’environ 3000 souches chaque année, ainsi que le typage moléculaire (MLST).

L'ensemble de ces activités permet d'assurer un conseil technique d'expert et, en cas de phénomènes épidémiologiques inhabituels, d'alerter la Direction Générale de la Santé et l'Institut National de Veille Sanitaire (J. O., Arrêté du 29 novembre 2004, modifié par l'Arrêté du 26 décembre 2011).

http://www.cnr-pneumo.fr/